Le PEV a deux grandes cibles qui sont:
- Les enfants de 0 – 11 mois;
- Les femmes enceintes.
Les maladies cibles du PEV sont:
- Tuberculose;
- Diphtérie;
- Tétanos;
- Coqueluche;
- hépatite viral B;
- Poliomyélite;
- Méningite à hémophilus influenzae de type B;
- Méningite à pneumocoque et infections respiratoires aigües;
- Diarrhées à rotavirus;
- Rougeole,
- Fièvre jaune.